商船學院成立于1995年4月，現(xiàn)設有航海技術(shù)系、輪機工程系、航運仿真技術(shù)教育部工程研究中心、航�？茖W研究所、中法聯(lián)合伽利略系統(tǒng)與海上安全智能交通研究所、上海海事大學國際海事研究中心、上海海事大學—挪威船級社國際合作中心，學院設有院辦公室、學生工作部、資料室等機構(gòu)。有載運工具運用工程、交通信息工程及控制、輪機工程3個博士點；船舶與海洋工程、動力工程及熱物理2個一級學科碩士點，載運工具運用工程、輪機工程、交通信息工程及控制、制冷與低溫工程等7個二級學科碩士點，船舶與海洋工程、交通運輸工程2個工程碩士點；航海技術(shù)、輪機工程、船舶電子電氣工程、熱能與動力工程、能源工程及自動化與行政管理（海洋管理）6個本科專業(yè)。其中，航海技術(shù)和輪機工程為國家級特色專業(yè)建設點和上海市本科教育高地。同時，載運工具運用工程為上海市重點學科，輪機工程為上海市教委重點學科。
　　商船學院具有較完備的教學、實驗和科研設施，設有11個教研室、2個教學實驗中心，擁有綜合船橋系統(tǒng)（IBS）實驗室、船舶操縱模擬器、電子海圖、全球海上遇險和安全系統(tǒng)（GMDSS）、輪機模擬器、船舶機艙綜合實驗室、柴油機特性測試、制冷空調(diào)、水泵性能測試、冷藏集裝箱綜合實驗室、冷庫等等具有先進水平的實驗設備；擁有“天琴”、“天鷹”兩艘無限航區(qū)的現(xiàn)代化遠洋訓練帆艇、兩艘現(xiàn)代化無限航區(qū)多功能訓練艇和各類航海專業(yè)技能訓練所需的艇筏與配套設備。
現(xiàn)有教職工200人，其中教授22人、副教授49人，高級工程師或高級實驗師6人；具有博士學位30余人，具有碩士學位及在讀博士生90余人；持有海船船長證書19人，大副證書12人，輪機長證書17人，大管輪證書5人。
　　商船學院國際交流與合作項目日益擴大和深入，極大促進了學院的國際化辦學水平。近年來，均有來自IMO（世界海事組織）、美國麻省海事學院、美國圣地亞哥海事學院等不同國家的外籍專家、教師來院進行短期講學；目前，學院與美國麻省海事學院、丹麥哥本哈根輪機工程學院、日本東京海洋大學、臺灣海洋大學等知名院校建立了良好的定期互派各類專業(yè)的國際交流留學生互訪、學習的穩(wěn)定合作關系；DNV（挪威船級社）副總裁JoergBeiler先生、IMO海安司副司長Mahapatra先生等諸多外賓多次來訪學院，并進行廣泛的學術(shù)交流。
　　商船學院作為國家培養(yǎng)高級航海技術(shù)人才的基地，以“重素質(zhì)，保質(zhì)量，培養(yǎng)敬業(yè)精神好，外語水平高，實踐能力強的高級國際航海人才”為辦學目標。自1972年以來，已有11000余名航海類專業(yè)畢業(yè)生走出校門，投身航運事業(yè)，其中許多人已成為我國國內(nèi)外運輸和航�？萍际聵I(yè)的骨干力量，為我國的航運現(xiàn)代化建設做出巨大貢獻。